Fondé en 1969 par Jean Pépin, le Centre Jean Pépin a été longtemps l’Unité Propre de Recherche (UPR 76) du CNRS spécialisée dans l’étude des doctrines de l’Antiquité tardive et en particulier du néoplatonisme. L’intégration en 1993 de L’Année philologique sous la direction de Pierre-Paul Corsetti a inauguré la mission d’information scientifique que le laboratoire depuis lors n’a cessé de développer.
En 1997, l’UPR 76 fonde, en collaboration avec le Laboratoire d’études sur les monothéismes (LEM), le Laboratoire de médiévistique de Paris (LAMOP) et le Centre d’histoire des sciences et des philosophies arabes et médiévales (CHSPAM), l’Institut des traditions textuelles (Fédération de recherches 33 du CNRS), actif jusqu’en 2013.
L’arrivée au sein du Centre Jean Pépin du groupe Théories et Histoire de l’Esthétique, du Technique et des Art (Theta) en 2004 sous la direction de Pierre Caye et Serge Trottein, et du groupe de Philosophie arabe en 2006 sous la direction de Maroun Aouad, a étendu le champ de recherche du laboratoire, non seulement à la formation des doctrines antiques, mais aussi à leur transmission et à leur réception jusqu’au XVIIIe siècle. De 2008 à 2015, le laboratoire fonde le Groupement de Recherche International GDRI “Savoirs artistiques et traités d’art de la Renaissances aux Lumières” (STAR), en collaboration avec l’Université de Chicago, l’Université de Bologne, l’Université de Pise, le Max-Planck-Institut für Wissenschaftsgeschichte et l’Observatoire de Paris. En 2012, l’UPR 76 rejoint le labex Hastec. De 2014 à 2019, le Centre Jean Pépin fonde le Laboratoire international associé (LIA) Philosophie arabe dans l’Empire ottoman en partenariat avec l’Université Yildiz d’Istamboul.
En 2015, le laboratoire est devenu une unité mixte de recherche (UMR 8230), rattaché aux départements de Philosophie et des Sciences de l’Antiquité de l’ENS de Paris, dans le cadre de Paris Sciences et Lettres (PSL). De 2015 à 2019, le Centre Jean Pépin coordonne le Groupement d’intérêt scientifique (GIS) Humanités. De 2017 à 2021, il a été le laboratoire porteur du Domaine d’intérêt majeur (DIM) Le patrimoine manuscrit philosophique arabe et syriaque en Île-de-France et ailleurs (PhASIF) avec le soutien de la Région Île-de-France. En 2019, le Centre Jean Pépin rejoint l’École universitaire de recherche (EUR) Translitterae de PSL.